FlowJo是一款功能强大的流式数据分析软件，顾名思义主要用于分析流式仪产生的数据，灵活的数据呈现方式，可将数据以一维直方图、二维图形或者动态三维图形展示，多种图形类型可选，具有强大的批处理功能，可同时分析多个数据，需要的朋友赶快下载吧！

软件功能

一、阶梯式设门

FlowJo独特的阶梯式设门试一次革命性的创新。他一改传统复杂的逻辑门设置，将细胞群之间的逻辑关系用简单的递进阶梯式去呈现，并可以自定义细胞群名称、进而直观的现实细胞群统计值，让分析结果一目了然，简单清晰

二、图像呈现法

1.多维参数显示

FlowJo提供了灵活的数据呈现方式，全方位满足用户的数据分析需要。它可以呈现一维的直方图，传统的二维图形，及动态立体的三维图形，从多个角度和空间对数据进行360°的静态以及动态解析

2.多种图形类型

FlowJo除了提供传统的散点图，还提供多种图形类型(如密度图，等高图，伪色图，斑马图等)，在满足不同分析需求的同时还保证了图像的美观和科学严谨需求

三、多种设门工具

设门是流失数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管要检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布，小概率事件还是大概率事件，FlowJo提供了多种设门工具，从而让用户方便的界定各种细胞群

四、强大的批量处理功能

用户可以做一个样品的门分析，然后将这个分析批处理应用到其他样品上;也可以做一个样品的图形分析，然后将这个分析批处理用到其他样品上。这样避免了对每一个样品进行重复性试验的分析，即保证了数据分析的一致性及灵活性，同时也极大地提高了分析的效率并且得到完美的分析结果

1.门的批处理

你可以将一个样品的门分析，批量应用到其他的样品上。整个过程只需要轻轻拖动鼠标就可完成，非常简单

2.图形分析的批处理

图像处理也可以用批量分析的方法，将一个样品的分析应用到其他样品上

五、多种分析平台及工具

FlowJo自身包含了多个特殊的分析平台来满足细胞周期，细胞增殖，动力学(钙离子流量)等的分析。这些平台采用权威的已发表的模型算法原理设计，来精确模拟数据分布。FlowJo还包含了多种独特的分析工具，如数据联结、衍生参数轴、校准、Backgating、Show Ancestry、Sample Comparision等，让你对数据作进一步的深层分析及处理

六、荧光补偿

荧光补偿是六十分析里面一个重要的概念也是一个复杂的过程，却是流式分析必不可缺的部分。软件补偿一改过去在机器上手动调节补偿的冗长复杂过程，大大简化了荧光补偿过程，将补偿数据的过程变成一个可理解，可见的简单过程，同时提供了在机器上手动补偿所没有的精确度和灵活性

七、灵活方便的数据导出

数据的导出在FlowJo里面非常的轻松方便。不管是图形数据还是数据表格，都可以方便的导出成各种格式用来做数据的分享和发表

FlowJo 10安装教程

1、在本站下载安装包，双击“FlowJo-Win64-10.2.exe”开始加载安装包

2、加载完成，进入软件安装向导界面，点击next

3、选择软件安装目录，默认在C盘，想选择其他位置点击choose

4、选择需要创建的附加选项，根据需要自行选择

5、确认一下软件的所有安装设置信息，无误点击install开始安装

6、下面开始软件的安装，如图所示

7、完成安装，点击done退出安装程序，打开软件就可以使用了

FlowJo10使用教程

【处理流式数据】

1、打开FlowJo10，鼠标直接拖动数据所在文件夹到软件中导入数据

2、对数据进行处理:双击fcs格式数据出现流式散点图(建议首先对空白组细胞先处理)，圈门(根据实验目的选择合适的圈门工具)并点击ok确定

3、双击圈门部位，根据实验目的以及染料的荧光激发/发射波长，选择流式图合适的横坐标和纵坐标。完成后，关闭处理界面，回到软件主界面

4、对其他数据进行批处理，鼠标拖动已处理文件到All samples

5、点击布局管理器。并拖动已处理文件到布局管理器内

6、输出图片，可以点击保存按钮(命名时需要输入后缀.png)，或者在图片右击复制然后黏贴到PPT/Word中

【自定义参数轴窗口】

点击图形窗口界面的“T”按钮，选择“自定义参数轴”，打开自定义参数轴窗口

①更换坐标轴的类型：Linear，Logarithmic，Biex

②手动输入坐标轴的范围，包括最大值和最小值

③通过增加和减少按钮调整坐标轴的范围

④当使用Biex坐标轴时，调整Extra Neg. Decades值的大小，

⑤当使用Biex坐标轴时，调整Width Basis值的大小

【多色流式数据分析时调整某个荧光参数的坐标轴】

1、导入数据，设门分析后得到了CD4 vs. CD8的点图，如下图所示。对于补偿过的荧光参数，FlowJo 10会默认以Biex坐标轴来显示，而且软件自动对其Extra Neg. Decades与Width Basis值进行了调整

2、在下图中，我们能发现最右边的一群细胞有压轴的现象，而且软件也给出了提示：有一小部分细胞压在了X轴上，因此需要对Y轴坐标轴的范围进行调整

3、点击Y轴的T按钮，打开“自定义参数轴”窗口，将Extra Neg. Decades由默认的0调为1，再增加一段负的刻度段来将0以下的所有数据完全显示出来

4、点击“应用”按钮，得到结果如下图所示：原来压轴的数据完全显示出来了